依特定燃料电池类型所用的电解质与/或燃料对它们进行区分。最常用的燃料电池类型包括：
■聚合物电解质膜燃料电池(PEMFC)；
■碱性燃料电池(AFC);
■磷酸燃料电池(PAFC);
■固体氧化物燃料电池(SOFC)；
■熔融碳酸盐燃料电池(MCFC)；
■直接甲醇燃料电池(DMFC);
■锌空气燃料电池(ZAFC);
■质子陶瓷燃料电池(PCFC);
■生物燃料电池(BFC)。
除了在燃料电池构造和所用燃料方面有一些小的差别外，聚合物电解质膜燃料电池(PEMFC有时也称为质子交换膜燃料电池)与直接甲醇燃料电池(DMFC)非常相似。在对燃料电池类型进行研究时，还可能遇到其他一些燃料电池的名称，如：
■直接硼氢化物燃料电池；
■金属氢化物燃料电池；
■甲酸燃料电池；
■直接乙醇燃料电池；
■可再生燃料电池；
■微生物燃料电池；
■生化酶燃料电池。
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直接硼氢化物燃料电池和金属氢化物燃料电池是碱性燃料电池(AFC)的子类，它们的解决方案是分别以硼氢化钠和金属氢化物作为其燃料。
甲酸燃料电池几乎等同于聚合物电解质膜燃料电池(PEMFC)，但它以甲酸作为燃料，催化剂为钯而非铂。
直接乙醇燃料电池(DEFC)非常类似聚合物电解质膜燃料电池(PEMFC)和直接甲醇燃料电池(DMFC)，但由于以乙醇作为燃料电池的燃料，因此为之赋予了新的名称。
可再生燃料电池是一种PEMFC，工作起来像一个普通的PEMFC和一个“可逆的”PEMFC(类似一个电解槽)。电解槽可集成进单个的电池堆中，或者可以使用两个独立的堆。
PEMFC是最常用的“可再生燃料电池”类型，但也可以使用其他类型的燃料电池。存在几种类型的生物燃料电池，最常见的两种是微生物燃料电池和生化酶燃料电池。
生物燃料电池(BFC)、质子陶瓷燃料电池(PCFC)、直接硼氢化物燃料电池、直接乙醇燃料电池和甲酸燃料电池尚处于研究阶段。其他类型的燃料电池正处于商业化边缘。
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